Le but du jeu sera de sauver l'île de Ninjago de Lord Garmadon qui attaque la ville avec son armée d'hommes-requins.
Avec Lloyd (Ninja vert) qui doit assumer être le fils de Garmadon et de Misoko (
Dame Dragon de Fer) surnommée aussi Koko par Garmadon. Lloyd est devenu un excellent ninja grâce à son entraînement avec Maître Wu, il est aussi le leader de l'équipe ninja secrète qui protège la ville Ninjago avec des dragons robots contre Garmadon qui essaye de mettre la ville à feu et à sang.
L'équipe se compose de : Kai Maître du Feu, Zane Maître de la Glace, Jay Maître de la Foudre, Cole Maître de la Terre, Nya Maître de l’Eau (soeur de Kai) et Lloyd, le puissant ninja vert.
En tant que ninja vert, Lloyd est acclamé en héros, mais sans son masque, Lloyd n'est que le fils de Garmadon qui se sent seul, rejeté de la société et sans amis. Mais avec son équipe de ninjas et de son oncle le maître Wu (frère de Garmadon), vous allez défendre Ninjago City afin de faire régner la paix et la sécurité.
Voyagez en Asie, revivez les scènes du film dans les 14 chapitres répartis dans 8 zones bien distinctes issus du film, vous vous déplacerez en monde semi-ouvert en choisissant le chapitre de votre choix un fois l'histoire terminée. Vous pourrez construire/détruire le décor pour progresser et résoudre les énigmes du jeu et cela en parcourant librement toute l'île de Ninjago City dans le mode libre.
Votre aventure commence par un entrainement au dojo d'entrainement contre le Maître Poulet, ce dojo vous apprendra toutes les techniques du jeu pour les combats et ainsi débloquer au cours de votre aventure des jetons d'ingéniosité qui améliorera les capacités de vos personnages avec 21 jetons.
Concernant les collectibles, ils seront plus ou moins faciles à trouver suivant le lieu où ils sont cachés mais la mini-carte, vous indiquera leur position grâce à des flèches de couleurs (jaune, vert, bleu) ainsi que la boussole et le drapeau. Il vous faudra escalader, parcourir toute la map et découvrir des lieux cachés... tout cela en changeant régulièrement de personnage pour s'adapter aux lieux et aux énigmes. N'oubliez pas d'activer vos parchemins antiques collectés pour vous aider dans votre quête et récupérer un maximum de pièces.
Lorsque vous aurez entièrement termine le mode histoire vous aurez environ 40% du jeu, reste à vous de parcourir entièrement l'île pour atteindre les 100% et enfin décrocher le seul et unique trophée

avec
Maître de la perfection.
Le Spinjitzu
Le Spinjitzu (votre pouvoir élémentaire)

est un art martial, cela crée une tornade d’énergie. La connaissance de cette compétence est ce qui distingue le ninja des autres dans l’univers Ninjago. Vous apprendrez ce pouvoir durant votre périple au cours de l'histoire avec les personnages principaux. Impossible à manquer.
Les personnages
Pour les personnages, vous allez devoir débloquer en tout 101 personnages du jeu, les principaux seront acquis dans le mode histoire, pour le reste ce sera uniquement en mode Libre, il vous faudra donc explorer toute l'île de Ninjago à leur recherche, ils font partis des collectibles. Il restera un personnage caché après cela, non comptabilisé pour le trophée
Maître du déguisement, pour l'obtenir, il vous faut rentrer un code (
mettre le jeu en pause, puis saisir code), le code est :
D9TZ39 qui correspond à
Lloyd capuche.
Les quêtes
25 quêtes repartis sur toute l'île, vous les trouverez grâce aux boussoles indiquant leurs positions sur la map. Rien de bien compliqué, aidez simplement la population à résoudre leur problèmes, en éliminant des ennemis ou bien en escortant un habitant hors du village...etc.
Parchemins Antiques
10 parchemins antiques repartis sur toute l'île, ces parchemins en forme de brique rouge sont comme des codes triches, ils vous feront bénéficier de bonus (
détecteur du collectionneur, aimant à pièces, invincibilité...), activez les avec le

puis parchemins antiques à sélectionner.
Les courses
Avec un total de 22 courses de vitesse, symbolisées par un drapeau de course, il vous faudra gagner une médaille d'or sur chaque course. Elles sont plutôt simples et de courte durée, vous avez la possibilité de la rejouer autant de fois que vous le souhaitez. Pour être sûr de gagner, utiliser le personnage de
Griffin Turner qui a la capacité de courir ultra-rapidement en utilisant le

. Il est déblocable dans le dojo
l'Arène Mortelle au niveau du chapitre
Champ de Bataille.
Constructions Tornade de création
24 Tornades de création reparties sur toute l'île, elles reconstruiront les bâtiments des habitants de Ninjago. Il vous faudra avoir assez de pièces disponibles dans votre barre de collecte de pièces. Elles sont facilement trouvables avec le logo d'une tornade sur la map.
Les dojos
8 dojos sont disponibles dans le jeu, il vous suffira d'ouvrir la map en mode libre et de chercher les grandes maisons rouge (
l'appartement en écroulement, le tombeau calciné...) et il vous faudra gagner une médaille d'or sur les 8 dojos. Ces dojos ne sont en rien compliqués, il y aura 3 vagues et 1 boss à éliminer mais il faudra user et abuser des combos qui permettront de faire monter votre score et atteindre la médaille d'or tant convoitée.
Les briques dorées
220 briques dorées sont reparties sur toute l'île, elles vous seront aussi offertes lors d'actions spécifiques, par contre, il vous faudra bien récupérer les 220 briques pour atteindre les 100% du jeu (
finir tous les dojos, finir le mode histoire, le reste sera caché dans le mode libre). Une fois les 220 briques acquises (
100% briques), vous débloquerez en ouvrant la dernière porte bloquée sur la plage le
Ninja Doré (
Gold Ninja) qui est le 101ème et dernier personnage à collecter.
Arènes de combat de Ninjago
Participez jusqu'à 4 joueurs dans les quatre modes de jeu différents, en écran splitté et en mode compétitif local, gagnez les défis et devenez le meilleur des quatre.